Phyllodactylus galapagensis est une espèce de geckos de la famille des Phyllodactylidae.
Son nom d'espèce, composé de galapag et du suffixe latin -ensis, « qui vit dans, qui habite », lui a été donné en référence au lieu de sa découverte, les îles Galápagos. La sous-espèce daphnensis, composé de daphn et du suffixe latin -ensis, « qui vit dans, qui habite », lui a été donné en référence au lieu de sa découverte, l'île Daphne.
Cette espèce est endémique des îles Galápagos.
