Le Cormoran à cou brun fréquente les eaux douces, principalement les rivières et les fleuves, mais aussi les marais et les marécages. On l'observe à l'occasion dans les estuaires et les eaux côtières peu profondes.
Il cherche sa nourriture généralement en groupe de deux individus ou plus. Les plongées sont courtes – environ 13 secondes – et semblent synchronisées entre les membres d'un groupe. L'activité des groupes importants attire parfois les sternes et les pélicans.
Il niche en colonie habituellement de moins de 50 couples mêlés à d'autres oiseaux aquatiques et coloniaux. Dans certains cas il peut former des colonies de plusieurs milliers de couples.
