L'elefante del Borneo, o elefante pigmeo del Borneo (Elephas maximus borneensis) è una delle sottospecie dell'elefante asiatico, diffusa nella parte settentrionale dell'omonima isola (in particolare nella zona occidentale dello stato di Sabah e nell'estremo nord del Kalimantan).
Le origini di questo animale sono molto controverse: ci sono diverse teorie discordi a proposito. Una sostiene che questi animali siano indigeni dell'isola, l'altra sostiene che vi siano stati importati fra il XVI ed il XVIII secolo. Nel 2003, studi approfonditi sul DNA mitocondriale hanno fissato l'origine di questi animali dalla popolazione dagli estinti Elephas maximus sondaicus delle isole della Sonda, dai quali furono separati circa 300.000 anni fa, durante il Pleistocene, e si isolò completamente da questi quando l'istmo che univa il Borneo con le isole della Sonda scomparve dopo l'ultimo massimo glaciale, circa 18.000 anni fa.
L'isolamento portò gli elefanti del Borneo a ridurre sempre più la propria taglia corporea; questo comporta le maggiori dimensioni di orecchie e coda rispetto al corpo. Questi elefanti hanno inoltre zanne relativamente poco curve rispetto alle altre sottospecie.Il loro carattere è straordinariamente docile e timido; questa caratteristica fece sì che si ipotizzasse una loro discendenza da popolazioni domestiche di elefante asiatico, confortata da resoconti secondo i quali diversi esemplari della specie furono trasportati nel Borneo negli ultimi secoli.
Gli elefanti del Borneo sono spesso detti "pigmei", in realtà recentemente sono stati fatti degli studi confrontando le dimensioni degli elefanti di Sabah con quelle degli elefanti provenienti dalla Malaysia (appartenenti alla sottospecie Elephas maximus indicus ma tendenzialmente più piccoli rispetto agli elefanti dell'India e dell'Indocina) e non sono state riscontrate differenze significative.
Le popolazioni di questo animale sono state decimate dalla pressione demografica, che ha portato le popolazioni locali a distruggere gran parte del loro habitat per far posto a insediamenti e campi coltivati; la costruzione di strade, inoltre, intralcia le loro rotte migratorie.
Le vie di comunicazione restano comunque affidate nell'isola principalmente ai corsi d'acqua, soprattutto nella parte indonesiana. La penuria di strade e ferrovie costituisce un grande vantaggio per la sopravvivenza dell'animale ma, data la particolare densità della giungla del Borneo, ne rende difficoltoso un censimento preciso. Secondo una stima del 2006, vi erano nell'isola tra i 1.100 e i 1.600 esemplari, ma non è specificato se tali esemplari fossero tutti Elephas maximus borneensis o comprendessero anche quelli indiani.
In seguito al definitivo riconoscimento dell'elefante del Borneo come specie autoctona dell'isola, la salvaguardia di questo animale è stata posta come priorità assoluta.
