Craugastor emleni est une espèce d'amphibiens de la famille des Craugastoridae.
Cette espèce est nommée en l'honneur de John Thompson Emlen Jr. (1908-1997).
Cette espèce est endémique du département de Francisco Morazán au Honduras. Elle se rencontre de Tegucigalpa à El Zamorano de 800 à 2 000 m d'altitude dans le bassin du río Choluteca.
