Pandaka pygmaea es una especie de peces de la familia de los Gobiidae en el orden de los Perciformes.
Los machos pueden llegar alcanzar los 1,1 cm de longitud total y las hembras 1,5.
Es un pez de clima tropical (24 °C-30 °C) y demersal.
Se encuentra en las Filipinas, Singapur e Indonesia (Bali y Sulawesi).
Come plancton.
Es ovíparo.
