Ateles fusciceps est menacé par la chasse et par la destruction et la fragmentation des forêts (il traverse difficilement les milieux découverts et artificiels comme les routes par exemple). La sous-espèce Ateles fusciceps fusciceps a été incluse en 2006, 2012, 2014 et 2016 dans la liste des 25 espèces de primates les plus menacées au monde.
Il est en 2020 notamment menacé par l'un des nombreux projets d'exploitation minière concernant des aires protégées abritant cette espèce en Equateur (Reserva Biologica Los Cedros),.