검은귀쥐는 작은 사슴쥐로 전체 몸길이가 14~18cm이고, 꼬리 길이는 비교적 짧은 5~7cm이다. 몸 대부분은 황갈색부터 노랑과 갈색으로 덮여 있으며, 등쪽으로 갈수록 어두운 색조가 변하고 옆구리는 희미한 색을 띤다. 하체와 발은 순백색을 띠며, 나머지 황갈색 털로부터 분명하게 구분되는 선을 가지고 있다. 눈 주위는 검은색의 털이 둥글게 좁은 띠를 형성하는 반면에 귀는 진한 갈색부터 검은색까지 띠며 귀 끝은 희다. 꼬리는 털이 덮여 있고, 몸과 같은 색을 띤다. 적어도 같은 지역에서 여름보다 겨울에 털이 더 약간 희미하다.
겉모습이 근연종 사슴쥐(Peromyscus maniculatus)와 거의 유사하다. 종들 사이에 털과 두개골의 형태가 미묘하게 차이가 나지만 상당히 일치하는 겉모습은 이러한 특징조차도 이 두 종을 구별하는 데 신뢰성있게 사용될 수 없음을 의미한다. 두 종은 그러나 유전자 분석을 통해 구별할 수 있으며, 성공적인 교배가 불가능하다.
검은귀쥐는 야행성, 잡식성 동물로, 주로 씨앗과 곤충을 먹는다. 보통과는 달리 아주 쓴 카르데놀라이드 화학물질을 견딜 수 있으며, 비교적 많은 양의 제왕나비를 섭치할 수 있다. 약 60cm 깊이의 수직 굴로 땅 표면과 연결된 약 7cm 폭의 보금자리 방으로 이루어진 굴 속에서 하루를 보낸다. 특히 두 종이 함께 발견되는 멕시코화산쥐를 쫓아내서 둥지 주위의 다른 종들로부터 영역을 지키는 것으로 보고되고 있다. 연중 번식을 하며, 최대 5마리의 새끼를 낳고 보통 3~4마리를 낳는다. 알려져 있는 아종은 없다.
