Miniopterus brachytragos é uma espécie de morcego da família Miniopteridae. Endêmica de Madagascar. As populações desta espécie foram historicamente incluídas em Miniopterus manavi, mas estudos moleculares publicados em 2008 e 2009 indicaram que esta suposta espécie consistia em cinco espécies distintas, incluindo M. brachytragos. A espécie têm sido encontrada em florestas secas e úmidas em altitudes de 320 m ao nível do mar.
Miniopterus mahafaliensis é pequeno e de coloração marrom escura no ventre e acastanhada no dorso. O trago é curto. O uropatágio é hirsuto e o palato côncavo.
Miniopterus brachytragos é encontrado em vários tipos de habitats. Na região de Namoroka, ele tem sido registrado em altitudes de 100 a 200 m em florestas decíduas secas e florestas de galeria. Outro espécime foi capturado numa região de carste em Bemaraha. Perto de Daraina, no noroeste, a espécie ocorre na floresta úmida de planícies associada a floresta seca a 320 m de altitude. Em outro local no noroeste, na península Masoala, ele é encontrado em floresta de galeria de planícies ao nível do mar. Em Nosy Komba, seu habitat consiste de floresta seca associada com Mangifera indica, introduzida na área.
Pouco se conhece sobre a ecologia do M. brachytragos, mas as espécies de Miniopterus geralmente se alimentam de insetos, reproduzem-se sazonalmente e vivem em grandes colônias em cavernas.
