보르네오오랑우탄은 수마트라오랑우탄만큼 군집생활을 하지는 않는다. 서로 중첩되는 세력권을 가진 두 세 마리의 오랑우탄은 짧은 기간 동안 상호 작업을 할지도 모른다. 새끼들은 다른 유인원과 비교하여 더 길게 새끼 시절을 갖는 데, 약 8~9살이 될때까지 어미와 함께 머문다. 보르네오오랑우탄은 수마트라오랑우탄보다 더 육상생활을 한다. 이는 보르네오섬에서는 수마트라섬에서처럼 수마트라호랑이와 육식동물을 피할 필요가 없기 때문일지도 모른다는 가설이 세워져 있기도 한다.
보르네오오랑우탄이 먹는 음식은 어린 가지, 나뭇가지, 무기질의 거름과 새알뿐만 아니라 과일로 구성되어 있다. 또한 수마트라오랑우탄보다는 더 좁은 범위지만 곤충들도 먹는다.
