작은긴코박쥐는 비교적 작은 박쥐로 성체의 전체 몸길이가 약 8cm에 불과하며, 몸무게는 15~25g으로 나이에 따라 다르다. 암수는 크기가 비슷하며, 겉모습은 사실상 구별하기 힘들다. 이름이 함축하고 있는 바와 같이 가늘고 긴 주둥이를 갖고 있으며 삼각형 모양의 작은 입코(비옆)으로 끝난다. 안쪽에 3개의 꼬리뼈를 갖고 있지만, 꼬리가 겉으로 드러나지는 않는다.
작은긴코박쥐의 혀는 꽃꿀을 핥아 먹기 좋게 다수의 적응을 거쳐 긴 능선과 거칠고 원뿔 모양의 돌기를 갖게 되었으며, 이빨을 깨끗이 닦아내 치주 질환을 예방하기도 하는 것으로 추정된다. 날개는 높은 익면 하중을 갖고 있으며, 기동성을 희생하여 열린 서식지에서 장거리를 비행하는 데 에너지를 효율적으로 사용할 수 있다.
