북동아프리카두더지쥐는 굴을 파는 종으로 그물같은 지하 굴 속에서 독거 생활을 한다. 암컷 두더지쥐는 약 120일 후에 성적을 성숙해지며, 연속되는 임신 사이의 간격은 약 173일이다. 한 번에 평균 약 2마리의 새끼를 낳는다. 새끼가 태어나는 시기는 4월부터 7월까지, 그리고 11월부터 12월까지 사이의 우기철 중간에 동기화된다. 북동아프리카두더지쥐가 사는 지역은 침수가 되기도 한다. 실험에 의하면, 침수가 되면 북동아프리카두더지쥐는 2분 또는 그 이상 헤엄을 칠 수 있으며, 땅 위로 나와 분당 7m의 속도로 최대 80m까지 이동하고 새로운 굴을 판다. 연구자들은 홍수가 두더지쥐를 새로운 지역으로 흩어지도록 만들며, 젖은 땅은 새로운 굴을 쉽게 팔 수 있도록 해 준다고 추측하고 있다.