Tumbesdvärgtyrann delas upp i två underarter med följande utbredning:
Tidigare inkluderades marañóndvärgtyrannen (Nesotriccus maranonicus) i arten och vissa gör det fortfarande. Denna urskildes dock som egen art av tongivande eBird/Clements och 2023 av International Ornithological Congress. Tumbesdvärgtyrannen i sig har inkluderats i musfärgad dvärgtyrann som den är mycket lik i utseendet, men skiljer i läten.
Arten har ett stort utbredningsområde och tros öka i antal. Internationella naturvårdsunionen IUCN listar den därför som livskraftig (LC), dock inkluderande marañóndvärgtyrannen i bedömningen.
