Mit einer Kopf-Rumpf-Länge von 52 bis 69 mm und einer Schwanzlänge von 36 bis 40 mm ist die Art eine sehr kleine Maus. Sie hat 12 bis 14 mm lange Hinterfüße und 9 bis 14 mm lange Ohren. Gewichtsangaben liegen nicht vor. Die Haare der Oberseite sind nahe der Wurzel hellgrau und im weiteren Verlauf meist orangebraun, was eine intensiv orangebraune Fellfarbe ergibt. Durch schwarze Spitzen an vereinzelten Haaren auf dem Rücken entsteht eine getüpfelte Musterung. Auf der Unterseite kommt rein weißes Fell vor. Der Kopf ist durch eine spitze Schnauze, durch lange Vibrissen und durch abgerundete Ohren gekennzeichnet. Soweit bekannt kommt kein weißer Fleck an den Ohren vor. Die Südafrikanische Zwergmaus hat vier Finger an den Vorderpfoten und fünf Zehen an den Hinterfüßen. Diese sind mit gut entwickelten Krallen ausgerüstet und weiß gefärbt. Der Schwanz besitzt eine braune Oberseite und eine hellere Unterseite.
Bei Weibchen kommen acht Zitzen vor, was die Art von der Afrikanischen Zwergmaus unterscheidet, die zehn Zitzen hat.
