7종의 아종이 알려져 있으며, 다른 개체군 사이에 색깔과 크기 면에서 상당한 차이가 있다. 일반적으로 주머니생쥐속에 속하는 중형 크기의 종으로 머리부터 몸까지 몸길이는 약 12cm까지 자라며, 꼬리 길이는 몸길이와 거의 같다. 몸의 털은 뻣뻣한 가시 형태의 돌기와 부드러운 털이 섞여 있지만 털이 평평하게 놓여 있기 때문에 가시 형태의 돌기가 털에서 더 두드러진다. 머리와 몸의 상체는 회색빛 갈색을 띠고 하체는 약간 희다. 두 가지 색상으로 분리되는 분홍색 또는 담황색 옆줄이 나 있다. 새끼들은 회색이고, 초기에는 가시 돌기가 없다가 나중에 가시 돌기가 자란다. 발바닥에 털이 있고, 멕시코가시주머니생쥐는 주머니생쥐속의 다른 종들이 뒷발에 6개의 혹이 나 있는 반면에 독특하게도 5개의 혹을 갖고 있다.