민다나오날다람쥐의 털은 꽤 굵고, 등 쪽은 비교적 부드럽고 배 쪽은 가늘다. 등 쪽은 갈색을 띠는 반면에 배 쪽은 좀더 밝은 흰색 또는 연한 회색이다. 꼬리도 등 쪽과 같은 색을 띤다. 같은 지역에 서식하는 바실란날다람쥐보다 몸이 크고 꼬리가 편평하지 않고 둥글다. 일반적인 모습은 동남아시아의 다른 날다람쥐와 유사하지만 두개골의 일부 측면이 다르다. 두개골은 머리가 넓고 편평하고 주둥이가 짧다.
민다나어날다람쥐는 해발 500m와 1600m 사이의 저지대와 산악 우림에서 서식한다. 야행성이고 나무 위에서 생활하는 수상성 동물이다.
