Javatrogonen är en slåede grön och gul trogon med en kroppslängd på 34 cm. Ovansidan är grön förutom stjärten som är blå. Undersidan är mestadels gul med grönt bröstband. Näbben är röd och kring ögat syns blå bar hud. Lätet beskrivs som ett torrt, skallrande "sterrrr".
Fågeln förekommer i bergskogar på västra Java. Den behandlas som monotypisk, det vill säga att den inte delas in i några underarter.
Javatrogonen har en liten världspopulation bestående av uppskattningsvis endast 2 500–10 000 vuxna individer. Den tros också minska i antal till följd av habitatförlust. Den är därför upptagen på internationella naturvårdsunionen IUCN:s röda lista över hotade arter, kategoriserad som sårbar (VU).
