Esta espécie ocorre nas águas quentes, pouco duras e ácidas dos rios Mamoré e Guaporé. Permanece por esclarecer se um dos polimorfos de M. altispinosus, conhecido pelos aquaristas como Mikrogeophagus sp. "Zweifleck/Two-patch", encontrado no alto Guaporé no Brasil, é uma espécie diferente. A localidade tipo é o rio Mamoré em San Joaquín (Beni, Bolívia). Em seu habitat natural, a espécie ocorre em córregos de água doce permanentes e piscinas com temperaturas entre 22 e 28 C com pH em torno de 6,8.
