Humboldtpingvinen är en medelstor pingvin, vilken som adult mäter 65-70 cm och väger 3.6-5.9 kg. De har svart huvud, med en vit halvcirkelformad linje bakom örontäckarna och kinden, och som möter den vita strupen. Den har svartgrå ovansida och vitaktig undersida med ett svart, ganska brett band över bröstet som sträcker sig ned utmed kroppssidan ned till benen. Den svarta näbben har en rosaaktigt köttfärgad bas. Juvenilen har mörkt huvud och saknar bröstband.
Humboldtpingvinerna lever året runt ute till havs, men häckar på land. Då samlas de i stora kolonier på klippiga öar och jordiga stränder utanför Perus och Chiles kuster. I Sydamerika förekommer de enbart utmed Stillahavskusten, och deras utbredningsområde överlappar magellanpingvinens utbredningsområde utmed kusten av de centrala delarna av Chile.
När den simmar använder den magen, liksom andra pingviner. Den har en sorts ryggkammar på tungan som gör att de kan gripa och hålla sitt byte. De är kolonihäckare och placerar sina bon i redan förekommande hålor i sandig mark eller guano. Ibland lägger de sina ägg direkt på marken i en grund grop eller i klippskrevor. Den lägger 2 ägg per kull.
Humboldtpingvinens status kategoriseras som sårbar (VU) av IUCN på grund av artens begränsade och minskande population. Orsaker för dess minskning idag är bland annat överfiskning och habitatförstöring, tidigare har det berott på överexploateringen av guano. Effekterna av El Niño 1982-1983, då födotillgången för pingvinen minskar drastiskt, reducerade världspopulationen från 19.000-21.000 individer till 5,180-6,080. 1995-1996 hade antalet ökat till 10.000-12.000 individer. El Niño 1997–1998 minskade populationen till 3,300 individer. Den nuvarande storleken på den globala populationen är inte säkert uppskattad men under senare tid har arten, i Peru, bara häckat i tio olika kolonier och en analys från 1998 förutspådde att arten skulle kunna vara utdöd inom 100 år.
