Mindre fiskörn är en liten (51–68 cm), vråklik och gråbrun fisklevande örn med litet huvud. Likt nära släktingen gråhuvad fiskörn är den grå på huvudet och vit på buk och undergump. Mindre fiskörn är dock mindre, ljusare grå ovan med gråaktig stjärt (ej vit med svart ändband), gråare under och med en vit fläck på de yttre handpennornas bas. Ungfågeln är brunare, med ljusare vingundersida och stjärtbas och utan gråhuvade fiskörnens tydliga strimmighet.
Mindre fiskörn delas in i två underart med följande utbredning:
Tidigare placerades arten tillsammans med gråhuvad fiskörn i släktet Ichthyophaga (alternativt Icthyophaga), och vissa gör det fortfarande. DNA-studier visar att de är en del av havsörnarna i Haliaeetus.
Arten påträffas kring stora skogskantade floder och våtmarker i låglänta områden och bergstrakter upp till 2 400 meters höjd, dock vanligen under 1 000 meter.
Mindre fiskörn är beroende av fiskrika skogskantade vattenytor. Skogsavverkning, överfiskning och, möjligen framför allt, föroreningar har därför påverkat beståndet negativt. Den tros redan ha en rätt liten världspopulation bestående av endast 10 000 och 50 000 vuxna individer. Internationella naturvårdsunionen IUCN kategoriserar därför arten som nära hotad.
