Caecilia thompsoni est une espèce de gymnophiones de la famille des Caeciliidae.
Cette espèce est nommée en l'honneur de Kay Thompson.
Cette espèce est endémique de la vallée du río Magdalena en Colombie. Elle se rencontre entre 300 et 1 300 m d'altitude dans les départements de Tolima, de Cauca, de Cundinamarca et de Boyacá.