Flodtaggstjärten är en medelstor (16–18 cm) taggstjärt med mestadels brun fjäderdräkt. Ovansidan är brun med rostrött på hjässa, vingar och stjärt. Undersidan är ljusare, strupen grå med svartaktiga fjädrar. Liknande mörk tahhstjärt har också kastanjebrun hjässa, men den sträcker sig inte fram till pannan. Strupen verkar också mer bandad hos flodtaggstjärten på grund av vitaktiga fjäderkanter. Lätet är ett lågt och nasalt "nyap".
Flodtaggstjärt delas in i två underarter med följande utbredning:
Arten har ett stort utbredningsområde, men tros minska i antal, dock inte tillräckligt kraftigt för att den ska betraktas som hotad. Internationella naturvårdsunionen IUCN listar arten som livskraftig (LC).