Myotis stalkeri (Thomas, 1910) è un pipistrello della famiglia dei Vespertilionidi endemico delle Isole Molucche.
Pipistrello di medie dimensioni, con la lunghezza della testa e del corpo tra 49 e 73 mm, la lunghezza dell'avambraccio tra 48,6 e 51,3 mm, la lunghezza della coda tra 49,6 e 55,5, la lunghezza del piede tra 15 e 16 mm, la lunghezza delle orecchie tra 19,2 e 20,1 mm e un peso fino a 18 g.
La pelliccia è molto soffice, fine e vellutata. Le parti dorsali sono bruno-grigiastre, con dei riflessi argentati e la base dei peli nerastra. La testa è più grigiastra. Le parti ventrali sono bianco-crema, con la base dei peli color ardesia. Le orecchie sono di dimensioni moderate. Il trago è lungo, stretto, appuntito e con un lobo basale ben distinto. Le membrane alari sono marroni chiare e attaccate posteriormente sulle caviglie. I piedi sono enormi, lunghi quasi come la tibia. La coda è lunga ed inclusa completamente nell'ampio uropatagio, mentre il calcar è lungo e sottile. Il cranio è grande. Il secondo premolare superiore è disposto fuori la linea alveolare.
Questa specie è conosciuta soltanto sulle isole di Gebe, Waigeo, Batanta, Kai Kecil, nelle Isole Molucche.
Vive nelle foreste fino a 250 metri di altitudine.
Si rifugia in grotte calcaree dove forma gruppi fino a 100 individui insieme ad altre 4-5 specie di pipistrelli. Dipende da specchi d'acqua.
Si nutre probabilmente di piccoli pesci ed altri vertebrati acquatici.
Una femmina catturata in luglio sull'isola di Kai Kecil aveva un piccolo. Sull'isola di Waigeo sono stati catturati maschi sessualmente attivi nel mese di giugno.
La IUCN Red List, considerata la mancanza di informazioni circa la popolazione, lo stato di conservazione e le eventuali minacce, classifica M.stalkeri come specie con dati insufficienti (DD).
