아마존습지쥐는 흔한 시궁쥐 보다 작지만, 나머지는 유사한 외모를 갖고 있다. 머리부터 몸까지 길이는 13~22cm이고, 꼬리 길이는 12~18cm, 몸무게는 보통 130~200g이다. 털은 짧고 등 쪽은 황갈색 또는 담황색을 띠고, 옆구리는 희미하고 하체는 희거나 연한 오렌지색으로 띤다. 뒷발은 앞발 보다 현저하게 크고, 발가락 사이에 두드러진 발톱과 부분적인 물갈퀴가 나 있다. 발바닥 주위 가장 자리에 은색을 띠는 긴 털이 약간 나 있을 때도 있다. 암컷은 8개 또는 10개의 젖꼭지를 갖고 있다.
