후퍼쥐는 중간 크기의 사슴쥐로 꼬리 길이 9~13cm를 포함하여 전체 몸길이가 17~22cm이다. 다 자라서 성숙해지면 몸무게가 평균 22g 정도이다. 몸의 털은 희미한 갈색빛 색조와 함께 회색이고, 하체는 크림색을 띠며 아래 다리로 갈수록 희다. 꼬리 아랫면 보다 윗면이 짙고, 털이 아주 짧다. 암컷은 6개의 젖꼭지를 갖고 있다.
암컷은 33일의 임신 기간 이후 평균 3마리의 새끼를 낳는다. 새끼는 눈을 뜨지 못하고 털이 없으며 홀로 일어날 수 없는 상태로 태어난다. 태어난 지 약 5일 이후에 움직일 수 있으며, 15일 이후 눈을 뜬다. 암컷의 첫 발정기는 약 69일 경에 시작된다.
후퍼쥐와 다른 사슴쥐 사이의 관계는 아직 명확하지 않다. 치아와 분비선(취선)의 모양은 "선인장쥐군"의 모양과 유사하지만 음경골의 모양과 젖꼭지의 위치는 "흰발생쥐군"과 유사하다. 현재는 후퍼쥐군에 속하는 유일종으로 보통 간주되며, 두 종군 사이의 진화적 연결 관계를 보여주는 것으로 추정된다.
