Madagaskargråfågel delas in i tre underarter:
Tidigare behandlades komorgråfågel som en underart till madagaskargråfågel och vissa gör det fortfarande.
Arten har ett stort utbredningsområde, men tros minska i antal, dock inte tillräckligt kraftigt för att den ska betraktas som hotad. Internationella naturvårdsunionen IUCN listar arten som livskraftig (LC).
