El topillo bávaro (Microtus bavaricus) es una especie de roedor de la familia Cricetidae propio de los Alpes de Austria, Italia y Baviera.
Está estrechamente emparentado con el topillo de Liechtenstein (M. liechtensteini) con el que podría confundirse, aunque los análisis genéticos han confirmado que se trata de otra especie.
El topillo bávaro, muy raro, dejó de ser visto en 1962 y en 1990 se le consideró extinto. Sin embargo, en 2000 se descubrió en Tirol del Norte una población perteneciente a esta especie. Es por tanto un ejemplo de taxón Lázaro, es decir, un taxón dado por desaparecido que es redescubierto con posterioridad. Hoy día la población es objeto de estudio a fin de determinar su número y su distribución.
El topillo bávaro se halla clasificado en la Lista Roja de la UICN como especie en peligro crítico de extinción.
