Hydrosaurus amboinensis est une espèce de sauriens de la famille des Agamidae.
Son nom d'espèce, composé de amboin et du suffixe latin -ensis, « qui vit dans, qui habite », lui a été donné en référence au lieu de sa découverte, Amboine.
Hydrosaurus amboinensis peut atteindre une longueur d'un mètre, et a la caractéristique de pouvoir courir sur l'eau sur de petites distances pour échapper à ses prédateurs (comme son cousin le Basiliscus plumifrons).
Cette espèce se rencontre en Indonésie à Sulawesi, aux Moluques et en Nouvelle-Guinée occidentale et en Papouasie-Nouvelle-Guinée.