Se trata de una cigüeña de gran tamaño, mayor que la única especie viviente del género en América, la cigüeña americana (Ciconia maguari), que habita desde Centroamérica hasta la Patagonia argentina. Es más grande aún que la especie similar a esta última del Viejo Mundo, la cigüeña blanca (Ciconia ciconia). El ancho distal promedio del tarsometatarso de C. lydekkeri es de 29 mm, siendo 24,7 mm en C. maguari y 20 mm en C. ciconia. También son características diagnósticas el surco metatarsal anterior profundo, tróclea metatarsal II muy proyectada posteriormente, tróclea metatarsal III bien dirigida internamente y una impresión del metatarsal I bien demarcada, comprimida lateralmente y expandida dorsoventralmente.
