Heterodactylus septentrionalis est une espèce de sauriens de la famille des Gymnophthalmidae.
Le nom spécifique de cette espèce, septentrionalis, fait référence à sa répartition septentrionale par rapport aux deux autres espèces connues de ce genre lors de sa description.
Cette espèce est endémique de l'État de Bahia au Brésil. Elle se rencontre dans la Chapada Diamantina.
