Myotis gomantongensis (Francis & Hill, 1998) è un pipistrello della famiglia dei Vespertilionidi endemico del Borneo.
Pipistrello di piccole dimensioni, con la lunghezza dell'avambraccio tra 40 e 43,1 mm, la lunghezza della coda tra 36 e 45 mm e un peso fino a 8,8 g.
Le parti dorsali sono marroni scure con le punte dei peli lucide, mentre le parti ventrali sono bruno-giallastre con la base dei peli nerastra. Le orecchie sono di dimensioni normali, con il margine anteriore convesso e la punta arrotondata. Il trago è lungo circa il 40% del padiglione auricolare, è sottile, affusolato con l'estremità arrotondata, con il margine anteriore concavo, quello posteriore fortemente convesso e con un piccolo lobo triangolare alla base. Le ali sono attaccate posteriormente alla base delle dita dei piedi, i quali sono piccoli. La coda è lunga ed inclusa completamente nell'ampio uropatagio. Il calcar è lungo e carenato.
Questa specie è conosciuta soltanto nelle grotte di Gomantong e Baturong, nello stato malaysiano di Sabah, nel nord del Borneo.
Si rifugia in piccoli gruppi all'interno di grotte calcaree.
Si nutre di insetti.
La IUCN Red List, considerata precedentemente come specie con dati insufficienti essendo stata scoperta recentemente, ma probabilmente senza minacce rilevanti e con un areale più vasto, classifica M.gomantongensis come specie a rischio minimo (LC).
