이 마카크의 자연 서식지는 우림이지만, 강가와 해안가의 습지-숲 등에서도 발견된다. 캐노피의 숲 층 상의 높은 곳에서 살며, 24~36 m 높이에서 먹이를 구하고 45 m 이상에서 잠을 자는 것으로 보인다. 이 종의 주 먹이는 무화과 등이다. 이들은 먹이를 찾을 때와 잠잘 때 여러 분파로 나누어 질 수 있다. 이들은 믄타와이랑구르들 무리 옆에서 먹이를 먹을 것이다. 파가이섬마카크(Macaca pagensis) 군도 약 5-25 마리씩 집단을 형성한다. 대체적으로 각 무리마다 한 마리의 수컷과 암컷들 그리고 이들의 새끼들이 있다. 수컷은 어디로 갈 것인지를 결정하고, 높은 소리를 내서 나머지 집단 구성원들과 의사 교환을 한다. 집단에 소속되지 않고 배회하는 파가이섬마카크는 자신의 자리를 차지하기 위해 적대적인 싸움을 걸어 수컷의 지배권에 도전한다. 자연 상태에서의 이 종의 포식자는 관수리와 그물무늬왕뱀이다. 흩어져 있을 때, 마카크들은 일종의 짧으며, 굵고 탁한 울음 소리를 내어, 집단의 나머지 원숭이들에게 알린다.
암컷은 팽창되고 붉어진 자신의 생식기를 보여줌으로써 짝짓기를 위한 번식력과 의지를 과시한다.암컷들은 짝짓기를 시작할 때 몸을 웅크린다. 임신 기간은 5~6개월 사이이다. 야간에 한 마리의 새끼를 낳는다. 어미는 태반을 먹고, 날이 밝기 전에 씻기기 위해 갓 낳은 새끼를 핥는다. 어미와 새끼는 새끼가 어린 시절에 아주 끈끈한 관계를 유지한다.
