Japansk paradisflugsnappare är en svart, brun och vit fågel, lik både sydöstasiatisk paradismonark och amurparadismonark, men är något mindre. Kroppslängden är 35-45 cm för hanen, inklusive den för släktet typiska mycket långa stjärten, och 17-18 cm för honan.
Adulta hanen har svart huva med purpurblå glans som övergår i gråsvart på bröstet. Undersidan är smutsvit eller vit. Ovansidan är enfärgat mörkt kastanjebrun. Den svarta stjärten har extremt förlängda centrala stjärtfjädrar, kortare hos unghanar. Till skillnad från sina nära släktingar saknar den en vit färgmorf.
Honan liknar hanen är lik hanen men är mattare och mer mörkbrun där hanen är kastanjefärgad. Fågeln har svarta ben och fötter, en kort, blå näbb och ett stort svart öga med blå ögonring.
Underarterna (se nedan) skiljer sig något åt, där fåglar i Ryukyuöarna är mindre och mörkare och sydligaste periophthalmica lilasvart ovansida och är vit endast på buken.
Japansk paradismonark delas in i tre underarter med följande utbredning:
Underarterna skiljer sig något åt i både utseende och läten och kan därför möjligen utgöra olika arter. Tillfälligt har den påträffats i sydöstra Ryssland.
Japansk paradismonark hittas i skuggiga, gamla lövskogar i tempererade områden, längre söderut i subtropisk städsegrön skog, upp till 1000 meters höjd. Kunskapen om födan är begränsad, annat att den är en insektsätare. Fågeln häckar från slutet av maj till augusti i Japan, från mars till augusti med ägg funna mellan slutet av mars och slutet av juni på Batan.
Japansk paradismonark tros minska relativt kraftigt i antal till följd av habitatförlust och degradering i dess övervintringsområden. Internationella naturvårdsunionen IUCN kategoriserar den därför som nära hotad och noterar att den nästan kvalificerar sig för att betraktas som hotad. Världspopulationen har inte uppskattats, men underarten illex beskrivs som vanlig i Ryukyuöarna och periophthalmica likaså vanlig på Batan.
