과테말라검은고함원숭이는 고함원숭이 중에서 가장 큰 종이며, 신세계원숭이 중 가장 큰 원숭이의 하나이다. 과테말라검은고함원숭이 수컷은 다른 중앙아메리카 원숭이 종들 중 어는 종보다도 크다. 평균적으로, 수컷의 몸무게는 11.4 kg이며, 암컷은 6.4 kg 정도이다. 몸 길이는 꼬리를 제외하고 약 521~539 mm 사이이다. 꼬리 길이는 590 mm에서 690 mm 사이이다. 다 자란 암수는 모두, 길고 검은 털과 물체를 쥘 수 있는 꼬리를 갖게 되는 반면에, 새끼들의 털은 갈색이다. 생후 4개월이 지난 수컷은 흰 음낭을 갖는다.