노랑피그미쌀쥐의 등 쪽 털은 거무스레한 털이 섞인 밝은 오렌지색-갈색 털로 이루어져 있고, 옆구리 쪽은 모두 오렌지색을 띠며, 배 쪽은 누르스름한 회색이다. 등과 배 쪽 사이의 경계 부분은 불분명하며 한 가지 색에서 다른 색으로 점점 변한다. 꼬리 길이 평균 110mm를 제외한 몸길이는 평균 87mm 정도이다. 노랑피그미쌀쥐를 구별하는 두개골 특징은 첫번째 어금니까지 도달하는 긴 절치공(경구개 안의 구멍)과 세번째 어금니까지 멀리 연장되지 않는 짧은 중간날개이빨 구멍(입천장 끝 뒷부분의 함몰 부위)를 포함하고 있다.
노랑피그미쌀쥐는 설치류에게는 무해하지만 사람에게 질병을 일으키는 한타바이러스의 주요 보유 숙주이다.
