Mörkhättad topptyrann är likt de flesta topptyranner en rätt stor medlem av familjen med grått bröst, gulaktig undersida och rostfärgade inslag i vingar och stjärt. Denna art är relativt liten (15–17 cm) med tunn näbb, otydliga vingband och ingen eller mycket litet rött i stjärten. På huvudet är den något mörkare på hjässan.
Mörkhättad topptyrann delas in i 13 underarter med följande utbredning:
Genetiska studier tyder på att den egentligen utgör flera arter, där populationer i Mexiko och Panama står närmare jamaicatopptyrannen (M. barbirostris) än sydamerikanska fåglar.
Fågeln hittas i olika skogstyper, både torra och fuktiga. Födan består av leddjur. I USA häckar den från mitten av maj till slutet av juli, i Centralamerika från mitten av april till mitten av juni.
Arten har ett stort utbredningsområde och en stor population, men tros minska i antal, dock inte tillräckligt kraftigt för att den ska betraktas som hotad. IUCN kategoriserar därför arten som livskraftig (LC).
