Korttofsad topptyrann är en rätt stor tyrann med mörk näbb, mestadels gråbrun ovansida, ljus strupe och ljusgult på buken. De olika underarten varierar i tonen på ovansidan. Den skiljs bäst från liknande arter genom sitt unika läte, ett visselpipelikt "prrrih".
Korttofsad topptyrann delas in i tre underarter:
