Rödhättad manakin delas in i tre underarter:
Fågeln är delvis känd för hanens karakteristiska dans. Dansen består av mycket små hopp, som ger intryck av att fågeln glider både fram- och baklänges på grenar, "Moonwalk".
Arten har ett stort utbredningsområde, men tros minska i antal, dock inte tillräckligt kraftigt för att den ska betraktas som hotad. Internationella naturvårdsunionen IUCN listar arten som livskraftig (LC).
