Die Bayerische Kurzohrmaus ist etwas größer als die ähnliche Kurzohrmaus. Die Kopf-Rumpf-Länge beträgt 88–106 mm, die Schwanzlänge 32–44 mm, die Länge des Hinterfußes 15–17 mm und die Ohrlänge 7–12 mm. Die Tiere wiegen 18–28 g. Das Fell ist gelblich braun, die Fußrücken sind weißlich behaart. Die Ohren sind fast völlig im Fell verborgen. Das Schädeldach ist leicht gewölbt und die Gehörkapseln sind relativ groß. Die Bayerische Kurzohrmaus ist von den extrem ähnlichen und nahe verwandten beiden Arten Alpen-Kleinwühlmaus (Microtus multiplex) und Illyrische Kurzohrmaus (M. liechtensteini) nur molekulargenetisch oder durch die vergleichende Analyse mehrerer Zahn- und Schädelmaße unterscheidbar.
Die Art ist ein Endemit der Nördlichen Kalkalpen und dort nur von zwei Fundorten bekannt. Der eine befindet sich in Bayern in der Nähe von Garmisch-Partenkirchen. Dort wurde die Bayerische Kurzohrmaus aber seit 1962 nicht mehr gesichtet und gilt für ganz Deutschland als ausgestorben oder verschollen. Der Lebensraum bei Garmisch-Partenkirchen bestand aus mäßig feuchten Wiesenhängen in der Nähe eines Baches in etwa 730 m Höhe. Der zweite Fundort liegt im Rofan, einem Teil der Brandenberger Alpen im Norden von Tirol. In Tirol bewohnen die Tiere einen sehr offenen und bis 2005 als Waldweide genutzten Mischwald, der von Fichten dominiert ist. Dieser Standort befindet sich in 730–1100 m Höhe und weist ebenfalls zahlreiche Bäche auf.
Die Tiere leben in unterirdischen, flach unter der Bodenoberfläche verlaufenden Gängen; das beim Graben der Gänge anfallende Erdreich wird zu kleinen Erdhaufen aufgeworfen. Die Art ist tag- und nachtaktiv. Die Nahrung dürfte aus unterirdischen Pflanzenteilen, gelegentlich auch aus Gräsern und Kräutern bestehen.
Die Bayerische Kurzohrmaus wurde erst 1962 bei Garmisch-Partenkirchen entdeckt. Damals wurden mit Mausefallen 23 Tiere gefangen und anhand morphologischer Merkmale als neue Art bestimmt. Danach konnte die Art dort nicht mehr nachgewiesen werden und galt als verschollen. Das Vorkommen in Tirol wurde 1976 und 1977 entdeckt, aber erst im Jahr 2000 durch genetische und karyologische Untersuchungen als zu dieser Art gehörend identifiziert.
Der Fundort bei Garmisch-Partenkirchen wurde durch den Bau eines Krankenhauses zerstört. Auch in Tirol steht das letzte bekannte Vorkommen bisher nicht unter ausreichendem Schutz. Dort ist die Waldweide 2005 aufgegeben worden. Große Teile des von der Art bewohnten Waldes sind seitdem gerodet und in umzäunte Rinderweiden umgewandelt worden. Für den übrigen Wald wird nach der Einstellung der Waldweide eine starke Verdichtung der bodennahen Vegetation sowie eine verstärkte forstliche Nutzung befürchtet.
2009 startete ein Forschungsprojekt, in dessen Rahmen die Verbreitung, die ökologischen Ansprüche und die Populationsgröße der Art erforscht werden sollen und an dessen Ende ein Managementplan für die Waldweiden stehen soll.Trotz intensiver Nachsuche konnten weder in Deutschland noch in Österreich in der Umgebung der bekannten Fundorte weitere Vorkommen festgestellt werden. In Deutschland wird die Art in der Roten Liste als „Ausgestorben“ geführt. Die IUCN stuft die Art aufgrund des sehr kleinen bekannten Areals und der dortigen anhaltenden Habitatzerstörung als „vom Aussterben bedroht“ (Critically Endangered) ein.
