Isokäpylintu muistuttaa paljon pikkukäpylintua ja kirjosiipikäpylintua, eroa on lähinnä nokan muodossa ja koossa. Käpylinnut ovat ”papukaijamaisia” suhteettoman suuren nokkansa ja kirkkaiden väriensä takia; isokäpylintu on vielä pienempiä sukulaisiaan harteikkaampi. Ala- ja ylänokan kärjet menevät ristiin, mikä on sopeutuma havupuiden siementen esiin kaivamiseen kävystä. Aikuinen koiras on vartaloltaan tiilen- tai oranssinpunainen ja naaras on harmaan- tai kellanvihreä ilman punaisia höyheniä. Nuoret yksilöt ovat harmahtavia, tummaraitaisia ennen sulkasatoa. Siivet ja pyrstö ovat kaikilla tummanharmaat.lähde?
Kooltaan isokäpylintu on hiukan viherpeippoa suurempi ja rotevampi. Pituus nokan kärjestä pyrstön kärkeen on 18–20 cm, koiras on hieman kookkaampi. Siipien kärkiväli on noin 30 cm ja nokan korkeus on 12–15 mm, nokan tyvestä mitattuna. Paino on 50–60 grammaa.
Syvä lentoääni ”kup kup” on yksi parhaita tuntomerkkejä iso- ja pikkukäpylinnun erottamiseen. Ruokailevista parvista kuuluu myös matalampaa köpöttelyä. Koiras laulaa pesäpuun lähettyvillä hiljaista, kaunista visertelyä. Laulu on selvästi vaimeampaa ja matalampaa kuin pikkukäpylinnun. Varoitusääni on itsepäinen, jankuttava, mustarastasmainen ”tsuk-tsuk-tsuk...”. Sitä kuulee etenkin silloin, jos närhi sattuu pesän lähelle. Poikasparvista kuuluu jatkuvaa tiititystä. Kaikki äänet ovat astetta matalampia kuin pikkukäpylinnun äänet.lähde?
1922 virolaiset Piiper ja Härms esittivät, että Virossa esiintyvä isokäpylintu olisi oma alalajinsa estiae. Väite perustui paikallisen populaation nokan muotoon. Myöhemmin on osoitettu, että nokan muoto vaihtelee jonkin verran koko levinneisyysalueella eikä em. alalajia katsota olevan.
Aikuisen isokäpylinnun sulkasato on kesällä heinä–syyskuussa, jolloin se vaihtaa koko höyhenpukunsa. Nuoret linnut vaihtavat kesällä pääosan ruumiinhöyhenistään, ja joskus muutamia pyrstösulkia.
Suomessa oli rengastettu 513 isokäpylintua, joista valtaosa pesäpoikasena, vuoden 2006 loppuun mennessä. Myöhempiä löytöjä näistä on vain kaksi.
Levinneisyysalue on paljon pienempi kuin pikkukäpylinnulla. Siihen kuuluvat säännöllisesti vain Norja, Ruotsi, Suomi, Viro, Latvia sekä Länsi-Venäjä Uralille asti ja pohjoisessa havupuurajalle. Skotlannissa pesii melko vastikään omaksi lajikseen erotettu skotlanninkäpylintu Loxia scotica. Linnut vaeltavat havupuiden siemensadon perässä satunnaisesti myös tämän alueen ulkopuolelle esimerkiksi Englantiin ja Tanskaan, joten yksittäisen paikan kanta vaihtelee vuodesta toiseen. Fennoskandiassa ja Baltiassa arvioidaan olevan 56 000–190 000 pesivää paria. Suomessa laji pesii koko maassa lukuun ottamatta Tunturi-Lapin havupuutonta vyöhykettä. Suomessa pesii keskimäärin 36 000 paria, vuosittaisen vaihtelun ollessa 10 000–100 000 paria. Euroopan populaatio on kooltaan 520 000–2 200 000 yksilöä ja lajin kanta on elinvoimainen.
Isokäpylinnun vaellukset ovat vähemmän mittavia kuin runsaamman pikkukäpylinnun. Pesinnän jälkeinen vaeltelu alkaa toukokuussa ja touko–kesäkuun vaihteessa voi Lounais-Suomen ulkosaariston mäntyä kasvavilla saarilla tavata pieniä parvia, joissa on sekä vanhoja että nuoria lintuja. Parvia esiintyy täällä vaihtelevassa määrin koko kesän. Syksyllä voi joskus havaita selvää meren yli suuntautuvaa muuttoa, jonka huippu on lokakuun puolimaissa. Joskus vaellus voi ulottua kauas, esimerkiksi 1990 Hollantiin. Varsinais-Suomessa lajin määrät ovat huomattavasti vähentyneet vuoden 1992 jälkeen.
Isokäpylinnun elinpiiriä ovat pääasiassa mäntymetsät. Tyypillinen pesimäajan ympäristö on kallioinen männikkö tai harva mäntykangas. Koska isokäpylintu suosii männynsiemeniä, se ei yleensä pesi puhtaissa kuusikoissa. Myös pesimäajan ulkopuolella laji viihtyy etupäässä mäntymetsissä.
Käpylinnut syövät havupuiden siemeniä. Ristinokallaan ne ensin leikkaavat siementä suojaavan suomun halki ja nappaavat sitten kielellään siemenen. Isokäpylinnun suosikki on mänty, mutta myös kuusen siemenet maistuvat. Pesimisaikaan se saattaa syödä myös hiukan hyönteisiä. Pesäpoikanen saa syödäkseen noin 20 000–30 000 siementä runsaan 3-viikkoisen pesässä olonsa aikana. Emot tarjoilevat sen kuvussaan puoliksi sulaneena puurona oksentamalla poikasen avoimeen kitaan. Havupuiden siemenkadon aikana käpylinnut voivat syödä myös muuta siemenravintoa ja pihlajanmarjoja.
Isokäpylintu on yksiavioinen. Pesä sijaitsee yleensä männyn latvaosassa. Tavallisesti se on oksan päällä, usein myös oksanhangassa tai rungon haarautumassa. Naaras rakentaa pesän taitavasti kuivista oksista, naavasta ja sammalista, ja käyttää pehmusteina karvoja ja höyheniä. Muninta alkaa hieman myöhemmin kuin pikkukäpylinnulla, johtuen männyn siementen myöhäisemmästä karisemisesta. Ensimmäinen muna munitaan maaliskuussa ja munia on yleensä neljä, joskus kolme tai viisi. Muna painaa keskimäärin 3,26 g. Naaras aloittaa haudonnan heti ensimmäisen munan munittuaan, koska pakkasta saattaa olla jopa 20 astetta ja paljaat munat muuten jäätyisivät. Haudonta kestää noin 15 vuorokautta ja poikaset kuoriutuvat eri aikaan. Koiras ruokkii naarasta haudonnan aikana, ja naaras poistuu pesästä vain muutaman kerran vuorokaudessa lyhyeksi toviksi. Poikaset viipyvät pesässä suhteellisen kauan, jopa 25 vuorokautta, ja silloin ne jo lentävät melko hyvin. Emot syövät poikasten ulosteet niiden ollessa pieniä, mutta noin 10 vuorokauden jälkeen ulosteet jäävät pesän reunoille, ja poikasten lähdettyä maailmalle ovat pesän reunat paksun ulostekerroksen peittämät.
