Le cobaye sauvage péruvien a été décrit par Edward Turner Bennett en 1835 qui le nomme Cavia cutleri. Johann Jakob von Tschudi, dans une publication de 1845, utilise le terme de Cavia Cutleri pour se référer à ce que l’on considère maintenant en 2 entités : la première, le Cavia cutleri de Bennett qui a été identifié et décrit avec un pigment différent du Cavia porcellus, et la seconde comme un cochon sauvage péruvien différent de l’animal décrit par Benett. En 1857, Leopold Fitzinger renomme celui-ci en Cavia tschudii.