보르네오코끼리(Elephas maximus borneensis)는 동남아시아의 보르네오섬에 서식하는 아시아코끼리의 아종이다. 아시아코끼리의 아종 중 가장 작으며 피그미코끼리 라고도 불린다., 숲 파괴로 인한 서식지 상실에 따라 수가 감소하고 있다. 열대우림 또는 열대 삼림지대에 서식한다.수명은 약 70년이다.
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